Программа «Администрирование в сфере государственно-конфессиональных и общественных отношений» включает широкий спектр дисциплин, направленных на подготовку магистров, образование которых соответствует утвержденному профессиональному стандарту: «Специалист в сфере национальных и религиозных отношений». Выпускники данной программы имеют право работы в области политики и администрирования, образования и просвещения, религиозной социализации и социокультурной адаптации населения в соответствии с задачами внутренней политики Российской Федерации. 

Магистранты изучают следующие профильные дисциплины: «Проблемы и перспективы государственно-конфессиональных отношений», «Стратегии государственной национальной и религиозной политики», «Традиционные религии в современном мире», «История, вероучение и культовая практика культурообразующих религий России», «Грантовая деятельность в конфессиональной сфере» и многие другие. Магистерская программа направлена на освоение нового по сравнению с бакалаврской программой типа профессиональных задач – научно-исследовательского. 

За время обучения магистры освоят два полноценных курса по методике проведения научного исследования и основам подготовки выпускной квалификационной работы, пройдут научно-исследовательскую практику на базе организации-работодателя и защитят собственный проект, который впоследствии смогут оформить в виде заявки на соискание грантов Российского научного фонда и грантов для некоммерческих организаций, нацеленных на поддержку гуманитарных и просветительских инициатив. Выпускники также имеют право продолжить обучение в аспирантуре философского факультета на направлениях подготовки кадров высшей квалификации.