Гербарий основан в 1909 г. Значительный вклад в формирование гербарных фондов внесли известные ученые Д. Е. Янишевский, В. В. Фофанов, А. Д. Фурсаев, И. И. Худяков, А. О. Тарасов, А. А. Чигуряева и другие сотрудники, а также аспиранты и студенты.

Гербарий Саратовского национального исследовательского государственного университета имени Н.Г. Чернышевского является крупнейшей гербарной коллекцией на территории Нижнего Поволжья, состоит в международном Союзе гербариев мира и ему присвоен акроним «SARAT». В 2004 г. в связи с вхождением Саратовского педагогического института в состав СГУ гербарий педагогического института вошел в состав Гербария СГУ как отдел (сохранен акроним SARP).

На данный момент гербарием заведует доцент кафедры ботаники и экологии, кандидат биологических наук – Нющенко Екатерина Александровна.

В настоящее время Гербарий СГУ состоит из пяти отделов и имеет в своем составе коллекции сосудистых растений, мохообразных, лишайников и грибов. Величина фондов оценивается в 100 тыс. листов, в том числе бриологическая коллекция насчитывает 660 экз., микологическая – 15 000, лихенологическая – 3 000 экз.

Отдел «Флора Юго-Востока» включает в себя сборы с территорий Саратовской, Астраханской, Волгоградской, Самарской, Оренбургской, Пензенской и Ульяновской областей, Западного Казахстана. Эта часть гербария самая обширная и представляет наибольшую ценность, постоянно пополняется как экспедиционными сборами, так и за счет передачи в дар различными организациями и частными лицами.

Сборы крупных ученых, таких как А. Я. Гордягин (около 200 листов), М. Г. Попов (около 400 листов), В. Н. Сукачев (около 400 листов), А. Д. Фурсаев (около 300 листов), Д. Е. Янишевский (около 3000 листов), помещены отдельно в коробки специальной конструкции. В особый отдел выделен учебный гербарий, используемый для обеспечения учебного процесса у студентов биологического, географического, химического факультетов и педагогического отделения.

В гербарии хранятся ценнейшие 53 выпуска «Herbarium Florae Rossicae a Museo Botanico Academiae Imperialis Scintiarum Petropolitanae editum», принадлежавшие И. И. Шираевскому и приобретенные кафедрой в 1916 г. Кроме того, имеются по четыре выпуска «Bryotheca Rossica. Edidit Hortus Botanicus Principalis Reip. Rossicae» и «Lichenotheca Rossica. Edidit Hortus Botanicus Reipublicae Rossicae».

С коллекциями гербария работали учёные многих вузов и научных учреждений из Москвы, Санкт-Петербурга, Астрахани, Волгограда, Липецка, Владивостока и других городов России, а также из университета Флориды (США). С использованием фондов гербария выпущены значимые сводки по флоре России («Флора Нижнего Поволжья», «Флора средней полосы европейской части России», «Зонтичные (Umbelliferae) России»). Научные материалы гербария были использованы при составлении коллективных монографий: «Флора Саратовской области», двух изданий «Конспекта флоры Саратовской области», подготовке трех изданий «Красной книги Саратовской области» и более 25 статей.